哥斯达黎加80%的进出口货物是通过海路运输。港口在国民经济中地位举足轻重。目前，哥年均3000余艘客货船，120万个标准集装箱，1340万吨货物，36.5万名乘客进出港。
哥斯达黎加有3个主要港口，分别为太平洋沿岸的卡尔德拉（Caldera）港，由太平洋港务委员会（INCOP）管理以及加勒比海沿岸的利蒙（Limon）港和莫因（Moin）港，由大西洋港口与发展管理委员会（JAPDEVA）管理。上述两个委员会均为国有机构。
莫因港是最大港口，平均吃水深度10米。货物类型主要有冷藏货物（35%），石化产品（33%），集装箱货物（28%），液体散货（2%）和其他传统货物（1%）。
卡尔德拉港是第二大港，吃水深度7.5-11米，集装箱吞吐量超过10万标准箱，货物类型主要有食品散货（42%），集装箱货物（35%），非食品散货（13%），传统货物（8%）和散装液体（2%）。运送5万人次，750艘各类船只进出港。
利蒙港是第三大港，平均吃水深度11.5米，货物类型主要有集装箱货物（77%），传统货物（12%），滚转运输（7%），冷藏货物（3%）以及固体散货（1%）。运送20万人次，700余艘船只进出港。
利蒙港和莫因港均位于利蒙省，相距约7公里，已近30年未有任何投资改造，目前港口运力不足情况比较突出。2012年，两港合计吞吐量100万标准集装箱，1032万吨货物。2011年3月，马士基港口集团获得莫因港集装箱码头特许经营项目，总投资约10亿美元，经营期33年（含设计、融资、建设、运营），2013年10月，荷兰Van Oord公司与BAM Internacional公司组成的联营体中标马士基公司集装箱码头建设和疏浚项目，项目金额4.6亿美元，预计2014年第一季度开工建设，可创造400个直接就业岗位和5000个间接就业岗位，创造约40亿美元的经济效益。
大西洋港口与发展管理委员会拟在莫因港自营部分投资7000万美元进行改造基础设施，其中5500万美元为中美洲一体化银行贷款，用于新建约6公顷的集装箱堆场，港口疏浚深度至14米；剩余1500万美元为哥斯达黎加国家银行贷款，用于采购港口机械，以提高货物港口通行速度，减少客户港口费用。目前，莫因港货物通关时间约为22至29小时，改造后有望缩短至19小时。
卡尔德拉港正计划新修一座散货码头，另外还需对现有的码头进行维护和翻修，预计需要投资5000万美元。
目前，哥斯达黎加在全球144个国家港口效率排名中仅位列第140位。中美洲地区，巴拿马列第4位，洪都拉斯第55位，危地马拉第84位，萨尔瓦多第86位，尼加拉瓜第124位。
